La Sección de Finanzas es principalmente un área de apoyo en los procesos de las otras secciones del Sistema de Retiro de la UPR. La Sección de Finanzas es receptor de muchos de los documentos, ya sea para tramitar un pago o recaudar ingresos. Durante el proceso de pago la sección hace una preintervención para analizar los documentos y autoriza la transacción mediante la firma del Director o Jefe Auxiliar de la Sección de Finanzas. Entonces el Pagador genera el cheque o la transferencia electrónica del pago. Para la realización de un pago o desembolso la Sección de Finanzas requiere el Comprobante de Desembolso, en el cual se muestra el desglose de los pagos, el número de cheque y las cuentas afectadas. Entre los pagos o desembolsos que realiza la Sección de Finanzas se encuentra: Pago de préstamos, Pago de la nómina de los pensionados, Pago por servicios profesionales, Desembolsos transferencia de aportaciones y Desembolsos de aportaciones.